目前,支原體核酸檢測(cè)法(常規(guī)PCR、熒光定量PCR)應(yīng)用較為廣泛,尤其在生物制藥和細(xì)胞治療領(lǐng)域,可以替代傳統(tǒng)的培養(yǎng)法和DNA染色法。但同時(shí),各種品牌的支原體PCR和qPCR檢測(cè)試劑盒又良莠不齊,因此,對(duì)核酸法本身進(jìn)行方法學(xué)驗(yàn)證是非常必要的。
上對(duì)支原體核酸法的驗(yàn)證提出了三項(xiàng)要求:檢測(cè)限、特異性和耐用性。在檢測(cè)限方面,歐洲藥典除了規(guī)定要達(dá)到10CFU/ml或100CFU/ml外,也指出可以用等量的支原體核酸拷貝數(shù)來(lái)表示。這時(shí)就需要選用合適的支原體核酸標(biāo)準(zhǔn)品。
的微生物污染防控公司Minerva Biolabs(以下簡(jiǎn)稱德國(guó)MB公司),專門提供包括歐洲/日本藥典9種支原體在內(nèi)的PCR定量標(biāo)準(zhǔn)品共14種,可進(jìn)行10倍梯度稀釋,制備標(biāo)準(zhǔn)曲線,確定核酸法的檢測(cè)限,因而廣受藥廠的青睞。
德國(guó)MB公司提供的PCR定量標(biāo)準(zhǔn)品信息如下:
PCR定量標(biāo)準(zhǔn)品的物種 | 貨號(hào) |
口腔支原體 | 52-0112 |
雞敗血支原體 | 52-0115 |
萊氏無(wú)膽甾原體 | 52-0116 |
發(fā)酵支原體 | 52-0117 |
肺炎支原體 | 52-0119 |
關(guān)節(jié)液支原體 | 52-0124 |
精氨酸支原體 | 52-0129 |
豬鼻支原體 | 52-0130 |
檸檬螺原體 | 52-0164 |
唾液支原體 | 52-0103 |
百日咳桿菌 | 52-5571 |
大腸埃希菌 | 52-0083 |
嗜肺軍團(tuán)菌 | 52-0101 |
銅綠假單胞菌 | 52-0071 |
一、試劑盒組分:
試劑盒組分 | 數(shù)量 | 蓋子顏色 |
PCR定量標(biāo)準(zhǔn)品1×108基因組拷貝/管 | 1管凍干粉 | 綠色 |
Tris緩沖液,10mM Tris,pH8.5(用于溶解和稀釋標(biāo)準(zhǔn)品) | 2ml×3管 | 白色 |
說(shuō)明:2-8℃保存。使用前,標(biāo)準(zhǔn)品溶解后在-18℃以下保存。避免反復(fù)凍融。
、質(zhì)控保證
微生物在液體培養(yǎng)基中培養(yǎng),并在對(duì)數(shù)生長(zhǎng)期末期收集。DNA用酚氯f(wàn)ang抽提,繼而用過(guò)濾柱純化。DNA純度用分光光度計(jì)法測(cè)量,保證OD260/280≥1.8。微生物物種用Sanger測(cè)序法確定。
純化DNA的定量采用小牛胸腺DNA標(biāo)準(zhǔn)品進(jìn)行光密度測(cè)量,進(jìn)而用熒光法證實(shí)。DNA終稀釋,并調(diào)整為1×108基因組拷貝/管。稀釋倍數(shù)用qPCR分析證實(shí)。
三、操作步驟:
1、標(biāo)準(zhǔn)品復(fù)溶
(1)所有管短時(shí)離心。
(2)加入100μl Tris緩沖液到帶綠蓋的管中。
(3)室溫靜置5分鐘。
(4)渦旋振蕩10秒,再離心5秒。
(5)使用適當(dāng)體積的DNA溶液直接用于PCR或直接稀釋,用于制備DNA標(biāo)準(zhǔn)曲線
2、制備10倍稀釋的DNA標(biāo)準(zhǔn)曲線
(1)使標(biāo)準(zhǔn)品和Tris緩沖液室溫達(dá)到平衡。
(2)標(biāo)記每個(gè)1.5ml離心管。每個(gè)管加入90ml Tris緩沖液。
(3)標(biāo)準(zhǔn)品混勻離心。
(4)標(biāo)準(zhǔn)品1:加10μl標(biāo)準(zhǔn)品母液到第1管,蓋蓋并混勻。簡(jiǎn)要離心。
(5)標(biāo)準(zhǔn)品2:從第1管中取出10μl到第2管,蓋蓋并混勻。簡(jiǎn)要離心。
(6)標(biāo)準(zhǔn)品3:從第2管中取出10μl到第3管,蓋蓋并混勻。簡(jiǎn)要離心。
(7)下面的管均重復(fù)以上步驟。推薦制備6個(gè)標(biāo)準(zhǔn)品(梯度稀釋)。
對(duì)于qPCR,使用梯度稀釋的DNA標(biāo)準(zhǔn)品,可制備標(biāo)準(zhǔn)曲線。大多數(shù)qPCR軟件允許通過(guò)標(biāo)準(zhǔn)曲線進(jìn)行定量分析。這依賴于正確的設(shè)置,包括標(biāo)準(zhǔn)曲線的參數(shù)。為便于正確定量,要確定你的標(biāo)準(zhǔn)曲線樣品。使用者可以試用下列參數(shù)用于設(shè)置。體積決定了每個(gè)PCR反應(yīng)的基因組拷貝數(shù)。
反應(yīng)管編號(hào) | 2μl樣品 | 5μl樣品 | 10μl樣品 |
1 | 2×105基因組拷貝 | 5×105基因組拷貝 | 1×106基因組拷貝 |
2 | 2×104基因組拷貝 | 5×104基因組拷貝 | 1×105基因組拷貝 |
3 | 2×103基因組拷貝 | 5×103基因組拷貝 | 1×104基因組拷貝 |
4 | 200基因組拷貝 | 500基因組拷貝 | 1000基因組拷貝 |
5 | 20基因組拷貝 | 50基因組拷貝 | 100基因組拷貝 |
6 | 2基因組拷貝 | 5基因組拷貝 | 10基因組拷貝 |
4、評(píng)估
使用梯度稀釋,qPCR檢測(cè)后Ct值會(huì)隨著DNA濃度下降而升高。通過(guò)Ct值和DNA樣本量產(chǎn)生一條標(biāo)準(zhǔn)曲線,未知樣本的濃度通過(guò)標(biāo)準(zhǔn)曲線可以計(jì)算。下列的擴(kuò)增曲線是用德國(guó)MB公司的Venor®
GeM qEP試劑盒繪制的。所用儀器為CFX96 Touch熒光定量PCR儀。
總之,PCR定量標(biāo)準(zhǔn)品可提供低拷貝數(shù)的DNA標(biāo)準(zhǔn)品,因而可精zhun確定核酸法的檢測(cè)限。而10CFU的靈敏度標(biāo)準(zhǔn)品只能觀察是否能達(dá)到這一閾值,而無(wú)法確定終為多少。從這個(gè)角度說(shuō),PCR定量標(biāo)準(zhǔn)品具有自己*的優(yōu)勢(shì)。